Fenici avevano scambi commerciali ma anche contatti non sempre amichevoli, causò guerre che con alterne vicende provocarono infine la distruzione di Mozia ad opera di Dionisio di Siracusa nel 397a.C. Da allora i superstiti si trasferirono sulla costa siciliana, fondando la città di Lilibeo l'odierna Marsala. L'isola non rimase però del tutto disabitata come dimostrano numerose evidenze archeologiche riscontrate nel corso degli scavi.
I reperti più significativi degli scavi di Mozia sono esposti nel piccolo Museo Archeologico ivi creato da Giuseppe Whitaker, uomo di raffinata cultura, appassionato studioso di scienze naturali, storia e archeologia, che nei primi anni di questo secolo acquistò l'isola e vi condusse i primi scavi sistematici. A questo illustre membro di una ricca famiglia inglese che aveva industrie e commerci in Sicilia, si deve il primo fondamentale impulso per la conoscenza e la valorizzazione del patrimonio archeologico di Mozia